Tüp bebek tedavisinde en son ve en kısa sürede tamamlanan embriyo transferi aşaması yaklaşık 5 dakika kadar sürer. Bununla birlikte son derece titizlikle ve mutlaka bir uzman tarafından gerçekleştirilmelidir. Embriyo transferi esnasında en küçük bir hatanın yapılması tedavinin gidişatını olumsuz yönde etkileyebilmektedir.
Embriyo transferi lokal anestezi altında uygulanabilir. Uygulamanın ardından anne birkaç saat dinlendikten sonra evine dönebilir.
Tüp bebek tedavisi kapsamında anne adayının yumurtalıklarının uyarılması işlemi sona erdikten sonra istenilen olgunluğa erişmiş olan yumurtaların toplandığı yumurta toplama aşamasına geçilir. Eş zamanlı olarak baba adayından sperm örneği alınmakta olup eğer baba adayı sperm örneği veremiyorsa mikro TESE yöntemi ile sperm hücresinin alınması gerekebilir.
Alınan sperm ve yumurta hücreleri döllenmeye uygun olarak hazırlanır ve döllendirilir. Döllenen yumurta diğer bir deyişle embriyo 2 ya da 5 gün takip edilerek embriyoların hücresel yapısı ve kalitesi değerlendirilir. Döllenmeyi takip eden 2. ya da 5. günde embriyo transferi yapılır. Transferin hangi gün yapılacağı embriyo hücreleri değerlendirilerek kararlaştırılır.
Anne adayının rahim ağzı solüsyonlarla temizlendikten sonra tek tek değerlendirilen embriyolardan en kalitelisi anne adayının rahmine transfer edilir. Kaç embriyonun transfer edileceği anne adayının durumuna göre kararlaştırılır. Anne adayı 35 yaşından küçükse ve ilk iki tüp bebek denemesiyse çoğul gebeliklerin önlenmesi için bir embriyo transferi yapılabilir. Daha ileri yaştaki anne adaylarında embriyo kalitesinde azalma söz konusu olabileceğinden daha fazla sayıda embriyo transfer edilebilir. Embriyo tabakası kalınsa lazerle tabaka inceltildikten sonra transfer yapılır. Embriyo transferinden 12 gün sonra gebelik testi yapılabilmektedir.